柯文哲14日赴台北市議會進行施政報告，新黨台北市議員李慶元表示，2020年發生新冠肺炎疫情之後，台灣一共發生3項之亂，先不提突發狀況的口罩之亂，但疫苗之亂、快篩之亂和兒童疫苗之亂，身為“指揮中心”指揮官的陳時中連自己醫療專業都無法搞好，間接導致民眾中重症、病故，是否放心將辛苦經營8年的台北市交給陳時中？
黃珊珊回應，不管任何人要來治理這個城市，首先要先把這個城市的市民放在第一位，從防疫一開始，從民進黨當局到“指揮中心”有很多發言，包括“衛福部”政務次長石崇良說萬華是疫情破口、台北市不匡列和不疫調等言論，她都沒看到陳時中對台北市有任何話，“我覺得要先跟台北市民交代”。
柯文哲則說，其實台北市政要花時間才能有辦法弄清楚，“一般空降的不太容易，單單那個局處要搞清楚，就要很長時間。”若一般沒訓練、沒準備，“至少會脫節2年才能來搞清楚。”
最後，黃珊珊強調，這城市很大、局處很多、業務很龐雜，就像是柯文哲說的，她當了20年議員後到台北市仍要不斷學習，因為很多細節與時俱進，仍要花時間心力。
此外，陳時中今日上午於“行政院”會中表示，辭呈已經提出，剩下就看“行政院長”蘇貞昌的安排，他會遵照程序辦理。陳時中也說，防疫團隊跟社會已磨合2年多，“離開'指揮中心'我仍會掛心、也會關心，但我充分有信心，他們會把事情做好”。
“指揮中心”今日下午疫情記者會被問及指揮官接任人選，“指揮中心”發言人莊人祥表示，陳時中今日請辭，但他現在還是“衛福部長”跟指揮官，“行政院”這邊也還沒有指派人選。
“行政院”發言人羅秉成今日表示，相關人事作業會馬上進行，程序完成確定後會公佈相關人選跟交接時間。媒體追問，這段期間是否會有代理人選？羅秉成說，現在還沒有代理問題，因為辭呈何時生效，蘇貞昌會斟酌人事作業進行，“陳時中目前身份還是'衛福部長'，辭職時間生效、交接日期決定後，才會生效”。
另媒體提問指，一直傳出“指揮中心”7月底會解散消息，莊人祥則回應，“一直傳出但沒有這樣事實啊！我不知道有啥解散條件”。
日前針對“指揮中心”降級時機等議題，莊人祥曾回應，先前0病例確診時“指揮中心”依然維持，加上世界衛生組織（WHO）依然把新冠視為公共衛生緊急事件，加上致死率還沒達到流感化標準，“這部分還要再努力！”